Dans un premier temps, la LPO a effectué un état des lieux des oiseaux fréquentant le site mais aussi des reptiles, amphibiens et mammifères. Parmi les espèces recensées, on observe la Huppe fasciée, rare à Lyon ainsi qu’un faucon crécerelle. Un recensement nocturne a également permis de repérer la Vespère de Savi, une espèce de chauve-souris plutôt méridionale, vivant dans les falaises.
En croisant les résultats des recensements et l’observation des pratiques et des activités sur le site, la ligue fera des propositions d’évolution et d’aménagement afin de préserver les espèces actuelles et celles qui pourraient arriver. Lugdunum teste d’ores et déjà cet été, sur les théâtres exceptionnellement inoccupés, le fauchage tardif. Cette méthode consiste à laisser enherbées certaines zones afin de favoriser, en respectant le cycle naturel des plantes, la nidification des oiseaux, la protection de la microfaune et la diversification de la flore.